A különbözeti áfa szabályaival kapcsolatban szólni kell a Közösségi ügyletekről is. Általánosságban elmondható, hogy ezek a szabályok szinkronban vannak azokkal az esetekkel, amikor a viszonteladó belföldi eladókkal ill. vásárlókkal kerül kapcsolatba.
Amennyiben a viszonteladó a Közösség valamely tagállamából szerzi be termékeit és annak értékesítője megfelel a személyi feltételeknek, (pl.magánszemély, szintén különbözeti adózást alkalmazó adóalany) úgy Közösségen belüli beszerzés nem valósul meg, ezen a címen sem adófizetési, sem bevallási kötelezettség nem keletkezik.
Amennyiben a viszonteladó a Közösség valamely tagállamából szerzi be termékeit és annak értékesítője nem felel meg a személyi feltételeknek, (pl. általános szabályok szerint adózó adóalany), úgy kell eljárni, mint általában a Közösségen belüli beszerzéskor, azaz a viszonteladónak adófizetési kötelezettsége és adólevonási joga keletkezik. Emellett adóbevallást is kell benyújtania, összesítő nyilatkozattal együtt.
Amennyiben a viszonteladó a felvásárolt használt cikket a Közösség valamely tagállamába kívánja értékesíteni, úgy kell eljárni, mintha a terméket belföldön adta volna el, tehát teljes egészében a különbözeti adózás szabályait kell alkalmaznia.